Arkivi Shtetëror në vazhdimësi zhvillon bashkëpunimin ndërinstitucional në fushën e veprimtarisë shkencore, hulumtuese dhe arsimore. Nisur nga ky prioritet sot u nënshkrua Protokolli i bashkëpunimit ndërmjet drejtorit të Arkivit Shtetëror dr. Emil Krsteski dhe drejtoreshës së Biblotekës Kombëtare Universitare ,,Shën Klimenti i Ohrit’’, znj. Jelisaveta Kostadinova.
Të dy institucionet me Protokollin u zotuan të që të zbatojnë programe dhe projekte të përbashkëta në fushën e kulturës, shkencës dhe arsimit gjithashtu të organizojnë seminare, konferenca, konsultime, promocione dhe ekspozita. Dr. Emil Krsteski në takim theksoi se përgatitja dhe botimi i publikimeve të përbashkëta është risi e rëndësishme që parashihet në interes të popullarizimit të historisë kombëtare maqedonase.
Protokolli parashikon që fondi i librave që disponojnë të dy institucionet do të jetë plotësisht në dispozicion të punonjësve për qëllime hulumtuese, e cila parashikohet edhe edukimi i stafit të biblotekës në Arkiv dhe mentorimi nga ana e profesionistëve të BKU ,,Shën Klimenti i Ohrit’’. Drejtorët nënshkrues u pajtuan se në këtë mënyrë japin një shembull pozitiv për realizimin e një vizioni të përbashkët për zhvillimin e bashkëpunimit ndërinstitucional.